Stop Start Auto Run desactiva las aplicaciones y servicios que se cargan al ejecutar Windows.

Ciertamente no desactiva todos sino aquellos que salen en algunas carpetas del Registro. Precisamente: Local Machine Run, Local Machine Run Once, Current User Run y Current User Run Once.

Habitualmente es en estas carpetas donde muchas aplicaciones crean accesos directos para asegurarse que se ejecutarán cada vez que se inicie Windows.