La fabulosa Atlántida se halla en peligro. Ha dejado de venerar a su creador, el dios Poseidón, afrontándose así a su ira. Para salvar lo que queda de ella deberás recorrer el mundo antiguo en busca de siete cristales mágicos.

Así emprende Call of Atlantis, un juego que mezcla puzles al estilo Bejeweled con algunas pruebas menores, como hallar piezas de objetos en escenas muy minuciosos o resolver pequeñas aventuras.

Los 66 niveles de Call of Atlantis se ocurren con rapidez. Al completar cada uno se proporcionan algunos datos acerca de las costumbres de cada civilización antigua que visites, como el Imperio Romano, Babilonia o la antigua Grecia.